除了有很好的避孕作用，避孕套還起到男女生殖器的隔離作用，從而可以在一定程度上阻隔微生物病毒，預防多種疾病的傳染，以下幾種是最常見的：

預防子宮頸癌：

避孕套可以阻止精液和包皮垢進入女性陰道，故對子宮頸癌有一定的預防作用。

預防性傳播疾�。�

一般乳膠避孕套能夠部分隔離性傳播疾病的一些病原體，如單純皰疹病毒、沙眼衣原體、巨細胞病毒、淋病球菌、梅毒螺旋體和艾滋病病毒等。

預防陰道炎、宮頸炎和盆腔炎：

使用避孕套可以阻止男方生殖器上的病菌傳染給女方，故有預防這些疾病的作用。反之，女方患有陰道炎時，避孕套也可阻止病菌傳染給男方。

預防精液過敏癥：

使用避孕套，不讓妻子接觸丈夫的精液，這樣就不會發(fā)生精液過敏反應。

輔助治療某些免疫性不孕：

有些不孕的婦女體內存在抗精子抗體。性交后精子進入宮頸粘液，其中的抗體可使精子凝集或制動，使之不能上行入子宮腔，從而導致不孕。若采用避孕套3～6個月，可暫時斷絕與精液的接觸，待婦女體內抗精子抗體的滴度下降后，停用避孕套后短期內可望受孕。